La precursora de la actual Academia Pontificia de Ciencias fue la Academia Linceorum, fundada en Roma en 1603 y que, tras algunas vicisitudes, recibió el nombre de Pontificia Academia dei Nuovi Lincei por Pío IX en 1847. Fue ampliada por León XIII en 1887 y en 1936 recibió su nombre actual de manos de Pío XI. Actualmente es la única academia de ciencias de carácter supranacional que existe en el mundo. Tiene como finalidad: honrar la ciencia pura, dondequiera que se encuentre, asegurar su libertad y promover sus investigaciones, que constituyen la base indispensable para el progreso de la ciencia. Esta academia depende directamente del Santo Padre. Está compuesta por 80 académicos que son nombrados por el Papa. El cuerpo académico selecciona, sin hacer distinción alguna, nombres entre los más ilustres devotos de las ciencias matemáticas y experimentales de cada país, y los propone al Papa. A estos 80 académicos se suman los académicos “perdurante munere”, elegidos en razón de su cargo, y los académicos honorarios, en razón de sus méritos para con la academia.

La Academia Pontificia de Ciencias Sociales fue fundada por Juan Pablo II en enero de 1994, con el Motu Proprio Socialum Scientiarum. Su objetivo, dice el artículo 1 de sus estatutos, es “promover el estudio y el progreso de las ciencias sociales, económicas, políticas y jurídicas a la luz de la doctrina social de la Iglesia”. La academia es autónoma y, al mismo tiempo, mantiene una relación muy estrecha con el Consejo Pontificio Justicia y Paz, con el que coordina la planificación de diversas iniciativas. Sus académicos son también nombrados por el Papa y su número no puede ser inferior a 20 ni superior a 40. Actualmente son 31 los miembros que proceden de 24 países de todo el mundo, sin distinción de denominación religiosa, y que son elegidos por su alto nivel de competencia en alguna de las diversas disciplinas sociales.

Con el Motu Proprio Vitae Mysterium del 11 de febrero de 1994, Juan Pablo II instituyó la Academia Pontificia para la Vida, cuyos objetivos son el estudio, la información y la formación sobre los principales problemas de la biomedicina y del derecho relativos a la promoción y defensa de la vida, sobre todo en la relación directa que tienen con la moral cristiana y las directrices del Magisterio de la Iglesia. Para alcanzar estos objetivos, en octubre de 1994 se instituyó la Fundación Vitae Mysterium. La Academia para la vida es autónoma y está vinculada al Consejo Pontificio para la Pastoral de los Agentes Sanitarios y a varios otros dicasterios de la Curia Romana comprometidos al servicio de la vida. Pertenecen a la Academia setenta miembros nombrados por el Papa, que representan diversas ramas de las ciencias biomédicas y de aquellas que están estrechamente vinculadas con los problemas relativos a la promoción y defensa de la vida.