La Comisión Bíblica Pontificia, constituida originalmente por el Papa León XIII, era una congregación de cardenales asistidos por consultores. Después del Concilio Vaticano II, el Papa San Pablo VI la reconstituyó como una comisión compuesta por “docentes en ciencias bíblicas provenientes de diversas escuelas y naciones, que se distinguen ‘por su erudición, prudencia y respeto católico al Magisterio eclesiástico’ (Sedula cura, Art. 3). Esto representó un cambio de un organismo magisterial a uno consultivo, “puesto al servicio del Magisterio y vinculado a la Congregación para la Doctrina de la Fe, cuyo Prefecto es también el Presidente de la Comisión” (Art. 1).

En su sesión plenaria anual se ocupa de un tema determinado por el Presidente, a menudo a lo largo de un período de varios años. Los documentos emitidos por la comisión son el resultado de estas asambleas consultivas.

En 1969 el Papa Pablo VI estableció la Comisión Teológica Internacional en conexión con la Congregación para la Doctrina de la Fe, encargándole ayudar a la Santa Sede, y principalmente a la Congregación para la Doctrina de la Fe, en el examen de cuestiones doctrinales de mayor importancia. El Prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe también actúa como Presidente de la Comisión. Por estatuto, “La Comisión está compuesta por teólogos de diversas escuelas y naciones, conocidos por su conocimiento y fidelidad al Magisterio de la Iglesia”.

Al igual que la Pontificia Comisión Bíblica, la CTI trabaja a través de asambleas plenarias anuales y por medio de subcomisiones. Los resultados de sus estudios son presentados al Santo Padre y entregados a la Congregación para su uso apropiado.

La Comisión Pontificia para América Latina fue instituida en 1958 por el Papa Pío XII y reorganizada en 1988 por el Papa Juan Pablo II, quien la encargó "estar a disposición de las Iglesias particulares de América Latina, con sus consejos y con sus acciones, interesándose vivamente por las cuestiones que afectan a la vida y al progreso de esas Iglesias; y sobre todo para ayudar a las mismas Iglesias en la solución de dichas cuestiones, o para ser útiles a aquellos dicasterios de la Curia que estén interesados ​​por razón de su competencia."

La Comisión fue creada por el Papa Pío IX (6 de enero de 1852) "para cuidar de los cementerios sagrados antiguos, cuidar de su conservación preventiva, ulteriores exploraciones, investigaciones y estudios, y también para salvaguardar los recuerdos más antiguos de los primeros siglos cristianos, los monumentos insignes y las basílicas venerables en Roma, en los suburbios y suelo romanos, y en las otras diócesis de acuerdo con los respectivos Ordinarios". Por tratado con Italia (art. 33 del Concordato Lateranense), la autoridad y el ámbito de acción y estudio de la Santa Sede se extendieron a todas las catacumbas existentes en el territorio italiano.

Instituida por el Papa Francisco el 22 de marzo de 2014 como parte de los esfuerzos de la Iglesia para afrontar el escándalo de los abusos sexuales a menores, la Comisión tiene como tarea “… proporcionar al Romano Pontífice asesoramiento y consejo y proponer las iniciativas más adecuadas para la protección de los menores y las personas vulnerables… (asiste) a los obispos diocesanos/episcopales, a las Conferencias Episcopales y a las Estructuras Jerárquicas Orientales, a los Superiores de los Institutos de Vida Consagrada y de las Sociedades de Vida Apostólica y a sus Conferencias en el desarrollo de estrategias y procedimientos apropiados para proteger a los menores y a las personas vulnerables del abuso sexual y para dar una respuesta apropiada a dicha conducta por parte del clero y de los miembros de los Institutos de Vida Consagrada y de las Sociedades de Vida Apostólica, de acuerdo con las normas canónicas y teniendo en cuenta los requisitos del derecho civil”. (EP art. 78)